日本では、医師ッ国家試験に合格したあとの初期研修が2004年4月から必修化されている。つまり国家試験合格後に定められた診療科(内科・外科・小児科・産婦人科など)の基礎的な臨床研修を2年間受けることが義務づけられている。
それとは別に初期研修後の専門的な教育について、医師の専門性を高めるために学会などが自主的に専門医制度をつくり専門医を認定してきた。
規制緩和の流れのなか2002年4月に専門医資格の広告が可能になったことkらら虚偽や広告を防止するため医療に関するさまざまな規制ができている。厚生労働省は専門医資格を認定する学術団体の基準を定め、日本専門医認定制機構では加盟している各学会が届出を行い、厚生労働省での審査を経て受理されると「専門医資格」と広告できるようになる。 日本専門医認定制機構では加盟している各学会と協調し、5年間以上の専門研修を受け、資格審査ならびに専門医試験に合格して、学会等によって認定された医師を専門医と定義している。
届出により広告が可能な医師・歯科医師の専門性に関する資格は、現在48存在しているが、「患者が医師を選ぶ際のクオリティ・シグナルとするには、極端な認定率の乖離を学会同士で修正してもらったほうが信用性は上がる」、「核医学専門医、レーザー専門医など学会の名前がそのまま専門医名になっているのがわかりにくい」という問題点も挙げられている。
厚生労働省の「医療施設体系のあり方に関する検討会」では、専門医、特定機能病院、医療法に基づく人員配置標準をテーマに議論され、専門医については、学会ごとに認定基準が異なること、患者からわかりにくいことなど、さまざまな問題点があり、その見直しに向けた課題が多いことが浮き彫りになっている。